Im Sommer 1930 wurde der Verein im Restaurant Schweizerhof in St.Margethen gegründet. Als erster Präsident amtete Ludwig Giobbi. Vom 1924 aufgelösten «ersten» FC St. Margrethen war noch ein Restvermögen von rund 60 Franken auf der Rheintalischen Creditanstalt hinterlegt, das dann sozusagen als Startkapital diente.
Auf Initiative des damaligen Gemeinderatsschreibers und späteren Gemeindeammanns Robert Künzler wurde dem Verein ein Trainingsplatz beim Bruggerhorn zur Verfügung gestellt. Die Überlassung war an die Bedingung geknüpft, dass der Platz während dreier Sommermonate nicht genutzt werden durfte, da er dann für das Bürgerheim reserviert war. Zu den Gründungsmitgliedern gehörten Aldo Apostoli, Karl Baudenbacher, Emil Blum, David Brassel, Ernst Brassel, Ludwig Giobbi, Hans Grüninger, Franz Hermann, Edi Keller, Jean Keller, Edmund Künzler, Emil Ritz, Jakob Ritz, Jakob Schweizer, Robert Stoop, Alois Weber, Ludwig Weiss und Ernst Weiss.
Gestartet wurde 1930 in der vierten Liga (es war nur eine Mannschaft gemeldet). Zur Platzeröffnung im Bruggerhorn wurde ein Spiel gegen den FC Wohlen (AG) ausgetragen, das 2:2 unentschieden endete. Dieses Spiel wurde durch das Gründungsmitglied Robert Niederer vermittelt, der aus St. Margrethen nach Wohlen gezogen war. In der Meisterschaft wurde gleich im ersten Jahr der hervorragende zweite Platz erreicht.
Bereits in der Saison 1931/32 gelang der Aufstieg in die 3. Liga. Doch in der Saison 1933/34 musste die Elf schon wieder absteigen. Trotz sportlicher Misserfolge wurde vor allem auf kultureller Ebene hervorragende Arbeit geleistet: Im «Lindensaal» etwa gelangten Operetten zur Aufführung, die vom Publikum so begeistert aufgenommen wurden, dass sie zum Teil zwei- bis dreimal wiederholt werden mussten.
Die folgenden Jahre brachten dem Fussball in St. Margrethen keine weiteren Impulse. Allerdings hatte man zurzeit vor und während des Zweiten Weltkriegs auch grössere Sorgen als Fussballspielen. Trotzdem konnte 1942 den Zürcher Grasshoppers in einem Freundschaftsspiel ein 1:1-Unentschieden abgerungen werden.
1945 brachte den Aufstieg in die 2. Liga. Leider hielt der Höhenflug nicht an – der FC St. Margrethen stieg 1946 gleich wieder ab. Zwei Jahre später schaffte man wiederum den Aufstieg in die 2. Liga, in der man neun Jahre verbleiben konnte. 1957 wurde der Erfolgsweg brüsk unterbrochen; der Abstieg war unumgänglich. Erst Ende der Saison gelang beim Entscheidungsspiel gegen Steckborn mit einem 3:2-Sieg der angestrebte Wiederaufstieg.
In der Sommerpause 1960 wurde auf der Rheinau mit der Neugestaltung des Sportplatzes begonnen, sodass sämtliche Heimspiele entweder in Au oder Rheineck ausgetragen werden mussten. Es begann ein fortwährender Kampf gegen den Abstieg, der im Frühjahr 1964 nicht mehr verhindert werden konnte. Die folgenden Jahre in der 3. Liga waren gezeichnet vom erfolglosen Bemühen, wieder aufzusteigen. Im September 1969 konnte in St. Margrethen die neue Sportanlage eingeweiht werden.
Erst in der Saison 1972/73 gelang endlich wieder der Aufstieg in die 2. Liga; als Belohnung finanzierten Gönner der Mannschaft eine fünftägige Reise nach London. Nachhaltig war der Besuch der britischen Metropole nicht – bereits in der nächsten Saison spielte der FC St. Margrethen wieder in der 3. Liga. Er stieg aber 1974/75 wieder in die 2. Liga auf und galt zu dieser Zeit als Liftmannschaft. In der Saison 1977/78 spielten die Blau-Weissen übrigens zum ersten Mal in Tenues mit Leibchenreklame («Frucht-export AG»). Präsident zu der Zeit war Toni Steiger.
Nach dem Rücktritt von Toni Steiger übernahm Oswald Künzler 1981 den Verein, zuerst als geschäftsführender Vizepräsident, dann als Präsident. Zu dieser Zeit hatte man stets den Wiederaufstieg in die 2. Liga im Visier, welcher 1988 realisiert werden konnte. Dank vielen gut organisierten Veranstaltungen, einer starken Gönnervereinigung und einiger Donatoren konnten die benötigten Finanzen aufgebracht werden, um allmählich zu einem 2. Liga-Spitzenverein zu werden. In der Saison 1999/2000 konnte gar der Aufstieg in die 2. Liga interregional erreicht werden.
Sportlich ging es also steil nach oben, diese Entwicklung wurde allerdings nicht von allen Vereinsmitgliedern mitgetragen – eine durchaus vergleichbare Situation mit heute. Etliche Jahre wurde der Aufstieg in die 1. Liga avisiert, welcher jedoch mehrmals knapp verfehlt wurde. Nach dem Rücktritt von Oswald Künzler und Sportchef Marco Fräfel im Jahre 2004 mussten auf der Rheinau wieder kleinere Brötchen gebacken werden. Nach dem Abstieg aus der 2. Liga in der Saison 2008/2009 spielte man eine durchzogene Saison in der 3. Liga, ehe man in der Saison 2010/2011 nach einigen Präsidentenwechseln und Skandalen mit dem neuen Präsidenten Natal Schnetzer wieder den Aufstieg in die 2. Liga realisieren konnte.
Es war die Zeit, in der viele ehemalige St.Margrether Spielern von Nachbarvereinen wie beispielsweise Widnau zurück auf die Rheinau wechselten. Mit diesen Rückkehrern gelang dem Verein in der Saison 2012/2013 sensationell der Aufstieg in die 2. Liga interregional. Leider war die Freude nur von kurzer Dauer: Trotz gutem Start konnte sich die Mannschaft nicht in der Liga halten und stieg Ende Saison 2013/2014 wieder in die 2. Liga regional ab. Die Ära um Spieler wie Stif Gulan, Niki Gashi, Pädi Berisha oder Allesandro Callaci war nach dieser Saison vorbei, und die Mannschaft musste grossenteils verjüngt und ergänzt werden.
Im Sommer 2015 hat der FC St. Margrethen sein 85jähriges Bestehen gefeiert. Eingeläutet wurde das Fest am Freitagabend mit einem Plauschturnier, der Samstag stand im Zeichen der Aufstiegsfeier unserer 1. Mannschaft in die 2. Interregio, dazu konnte unsere 2. Mannschaft den zweiten Saisonsieg feiern. Am Abend hat Trade Mark im Festzelt die Stimmung ordentlich eingeheizt.
In der Saison 2015/2016 konnte die erste Mannschaft die Klasse in der 2. Liga interregional halten – dies trotz bescheidenem Budget im Vergleich mit Vereinen wie Kreuzlingen, Widnau oder Chur. Ein Jahr später, St. Margrethen war aufgrund des Abstieges von Widnau das einzige Team in der 2. Liga interregio, musste man aber wieder den Gang in die 2. Liga regional antreten. Überschattet wurde das Vereinsjahr von der Verhaftung unserer Gastspieler aus Bosnien und Brasilien, welche allesamt aufgrund von fehlender Arbeitsbewilligung des Landes verwiesen wurden.
Die nachfolgende Saison 2017/2018 verlief ebenfalls nicht ganz einfach. Trotz eines sehr guten Kaders befand sich die Mannschaft in der Rückrunde permanent im Abstiegskampf und konnte nur dank zwei Siegen in letzten beiden Spielen den Ligaerhalt realisieren. Die Saison war auch geprägt von Trainerwechseln. Didi Metzler muss seines zweites Gastspiel in St. Margrethen kurz nach Beginn der Rückrunde beenden. Das Interimsduo Schnetzer/Shoshi betreute die Mannschaft fünf Runden lang, ehe Leo Simonelli die Mannschaft drei Runden vor Schluss übernahm und schliesslich rettete.
Die Saison 2018/2019 kann als solide bezeichnet. Die Mannschaft beendete die Saison in der 2. Liga regional auf dem sechsten Schlussrang. Trainer Leo Simonelli verlässt den FC St. Margrethen nach einem Jahr bereits wieder - ihn ersetzt der Liechtensteiner Daniele Polverino. Nachdem Präsident Natal Schnetzer nach über neun Jahren Amtszeit an der Hauptversammlung per 30. Juni 2018 seinen Rücktritt erklärte hatte, konnte an der ausserordentlichen Hauptversammlung vom 14. Juni 2019 mit dem Lutzenberger Sepp Hafner ein neuer Präsident gewählt werden. Er übernimmt den FC St. Margrethen mit einer neuen Crew. Im Sommer 2019 beginnen die Feierlichkeiten zum 90jährigen Jubiläum. Das eigentliche Jubiläumfest findet dann am Ende der Saison 2019/2020 statt.